Parte del Valle de Aibar. Cáseda, durante la Edad Media estuvo incluida en el Valle de Aibar.
Fuero de 1129. El rey Alfonso I el Batallador concedió a sus pobladores los fueros de Daroca y Soria, que se conserva original en su archivo: «Que sus habitantes tuviesen los fueros de Daroca y Soria, y aun mejores. …Que no pagasen jamás la novena que acostumbraban a dar al rey. Que los que viniesen a vivir a Cáseda, fuesen igualmente libres ellos y sus heredades, donde quiera que las tuviesen…».
Hidalguía universal. Carlos III reconoció la hidalguía a sus habitantes en 1413.
Asiento en las Cortes. El rey Juan II, en atención a los servicios prestados por Cáseda en las guerras civiles (agramonteses y beaumonteses, 1450-1461), en 1468 hizo a Cáseda merced de asiento y voto en las cortes generales del reino, nombrándola «Buena Villa». También la dotó de alcalde propio anual, le concedió el mercado semanal de los miércoles y declaró a sus vecinos libres y francos.
Los vecinos fueron nombrados nobles infanzones, privilegio que sólo les servía para no poder ser castigados con pena ignominiosa. También les otorgó el derecho a mercado semanal.
Villa de frontera. Cáseda, ubicada estratégicamente en la frontera con Aragón se levantó a modo de caserío en forma defensiva. Todavía se pueden encontrar restos de muralla y un torreón en uno de los flancos de la plaza principal. Existió un castillo.
Sometimiento. En 1512 el pueblo se sometió al duque de Alba, bajo la promesa de observar sus privilegio, usos y costumbres, así como la imposibilidad de enajenarlo del reino de Navarra.
Reconquista. Un ejército franco-navarro, al mando del señor de Asparrós penetró en el año 1521 en Navarra para intentar reconquistar el reino para el rey Juan de Albret, teniendo que huir de Pamplona las tropas castellanas y el virrey Duque de Nájera. En el Puente de Yesa fue atacada la compañía de Calahorra, que huía de Navarra por gente de Sangüesa, Cáseda y Yesa, acaudillada por el propio Mariscal de Navarra, Don Pedro, y los hijos del solar de Javier.
Cuando el Duque de Nájera ocupó de nuevo Navarra y cuando Asparrós fue vencido en la Batalla de Noáin o Esquiroz, fueron procesados unos cuantos que tomaron parte en la acción del Puente de Yesa, entre otros, varios casedanos.
Invasión napoleónica. Durante la invasión pasaron por Cáseda partidas de guerrilleros de Javier de Mina, juntándose en 1810 un total de 500 infantes y 100 jinetes en Cáseda.
El 26 de diciembre de 1810, una columna francesa perseguida por los guerrilleros se encontraron con que el puente había sido cerrado por los casedanos, vadeando el río con rumbo a Caparroso, haciendo antes grandes estragos en el pueblo. En 1812 hubo fuertes concentraciones de fuerzas francesas en la localidad para combatir a la partida de Francisco Espoz y Mina, que se encontraba en el Roncal.