De estilo gótico, se remonta a mediados del siglo XIV a iniciativa del obispo de Pamplona, Arnalt de Barbazán.
En la portada destaca un gallo con las armas de los reyes de Navarra, de la dinastía de los Evreux que reinaban en la época.
La tipología de la iglesia es la usual de la arquitectura gótica navarra del siglo XIV, similar a la de Santa María de Olite o la de San Martín de Unx, estribando su originalidad en la cubierta ondulada de la nave, cubriendo las bóvedas con lajas de piedra.
La ermita era punto de comunicación entre los valles pirenaicos y las tierras de la Ribera para viajeros y pastores que llegaban por las cañadas reales de Salazar y Roncal hacia los pastos bardeneros, «pues tenía habitación para el ermitaño y pegada una venta muy cómoda».
Fue muy importante como lugar de peregrinación. Se encuentra equidistante entre los monasterios de Leire y de la Oliva. Asimismo, se encuentra en las inmediaciones del Camino de Santiago en la ruta que de Jaca llegaba a la vecina Sangüesa hacia Puente la Reina.
La ermita está dedicada a San Zoilo de Córdoba, mártir del siglo IV bajo la persecución de Diocleciano, cuya noticia llega a Navarra por los cristianos que más tarde huían del califato árabe de Córdoba, acogidos por el Obispo Wilesindo o Gulesindo, séptimo obispo de Pamplona (848-876), quien se cree que pudo fundar la ermita originaria.