El término de Cáseda, que se extiende de Norte a Sur, está conformado por tres unidades de relieve: el piedemonte Val de Aibar-Tierra de Sangüesa (370-400 metros), la sierra de Peña (San Pedro, 894 metros) y el piedemonte de la Bardena de Cáseda, al Sur de la cuesta de la sierra de Peña.

La red hidrográfica se ordena en torno al río Aragón, que surca el municipio en dirección Noreste-Noroeste formando grandes meandros, asentándose la villa al Sur de uno de ellos. Entre los numerosos barrancos que avenan el territorio y que tributan sus aguas al Aragón, hay que resaltar el Vizcaya y el Bancervera.